2000年血腥除夕夜，賢知（唐澤壽明 飾）一派拼盡全力阻撓“朋友”的人類滅絕計劃，但他們的反抗以失敗告終。是夜過后，賢知一派被誣為屠殺人類的恐怖分子，而“朋友”則堂而皇之成為了救世主，為萬眾膜拜和敬仰。
2015年，賢知的甥女遠藤神乃（平愛梨 飾）已成長為特立獨行的青春女孩，她十分反感教科書對舅舅的污蔑，經常和老師發生爭論。最終，校方決定將她和另一位曾對血腥除夕夜提出質疑的女孩小泉響子（木南晴夏 飾）送入“朋友樂園”。與此同時，曾在“朋友樂園”接受改造的異裝癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方殺害。目睹這一幕的神乃決定進入“朋友樂園”一探究竟。
另一方面，新的萬國博覽會將在日本召開，羅馬教宗亦會在此時造訪日本。被關在螢火蟲集中營的阿區（豐川悅司 飾）越獄而出，賢知一派幸存的同志們紛紛聚首。在這個暗潮洶涌的時刻，人類的命運將再次改寫……
本片根據浦澤直樹同名漫畫改編。
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